(一)发病原因
1.感染与损伤 肛窦因窦底在下，开口朝上，呈袋状，引流差，容易贮藏粪便引发感染和损伤，肛窦的边缘又有游离的半月形的肛瓣，也容易受到干粪块的擦伤或被排便时撕裂。排便次数增多或患肠炎、痢疾、腹泻、便秘等，频繁刺激肛窦和肛瓣。身体和局部抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，粪便和异物存积肛窦，窦道受到阻塞，使肛腺分泌的肛液引流不畅，加上粪便分解，病菌繁殖，肛窦即发炎肿胀。常见的致病菌有大肠埃希杆菌、葡萄球菌、变形杆菌、产气杆菌、链球菌、结核杆菌、绿脓杆菌等，其中大肠埃希杆菌占60%～70%。
2.性激素的影响 高月晋等(1985)指出，与皮脂腺一样，肛腺的发育与功能主要受人体性激素的调节，性激素的高低直接影响着肛腺的增生与萎缩，因此性激素的水平与肛窦炎的发生有密切关系。而性激素中以雄激素的影响最大。人一生中，新生儿体内由母体带来的雄激素较多，故肛周感染较多，一过发育成长期，随雄激素水平下降，肛周感染有的可自愈。男性及青壮年雄激素水平较高，故而肛腺感染增多，肛周脓肿常发于青壮年。老年性激素水平明显下降，肛腺随之萎缩，因此老年很少发生肛窦炎及肛周感染。
3.胚胎发育的影响 认为在胚胎发育的第7周，泄殖腔膜和肛膜破裂，与后肠融合，此时泄殖腔膜的背侧部分衍生为肛管、齿状线和肛柱的下部，若由于某种原因造成肛膜与后肠之间发生异常融合，不能形成正常齿状线和隐窝，而形成不规则齿状线和过深隐窝，出生后容易受细菌感染和损伤，形成肛窦炎、肛周脓肿和肛瘘。临床观察证实肛周脓肿和肛瘘患者的肛隐窝常异常加深，可深达3～10mm，数目可增至3～13个，胚胎发育影响着肛窦的学说已为专家广泛认可。
(二)发病机制
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