该病大多可找到病因，如遗传代谢病、脑发育异常、神经皮肤综合征或其他原因引起的脑损伤。
1、结节性硬化症(TuBEroussclerosis)：结节性硬化症病患中，有四成会表现出婴儿点头痉挛；反之，婴儿点头痉挛的病患中，有百分之四至二十五可诊断为结节性硬化症。这是发生率三万分之一的自体愿性遗传疾病，脑部会有结节，幼儿时皮肤易有白斑，四到六岁时就有类似青春痘的表现，很容易合并智能障碍。当宝宝有婴儿点头痉挛合并皮肤病变时，要做脑部电脑断层摄影或核磁共振检查，确定是否为结节性硬化症。
2、aicardi症候群(aicardi’ssynDRome)：女性，数月大时就开始抽筋，并且很难用抗癫痫药物控制。脑部影像检查可以发现缺乏大脑胼胝体。
3、百日咳疫苗：有人认为施打百日咳预防针，可能会使某些宝宝产生婴儿点头痉挛。担心的爸妈也可以选择新型的非细胞百日咳疫苗，以减少预防针可能带来的副作用。
4、其它原因：产前与生产过程中有缺氧—缺血性脑病变，产伤是婴儿期症状性癫痫的常见病因。先天性感染、遗传性代谢异常、中枢神经系统感染与头部外伤、水脑、小脑症、脑裂畸形、唐氏症、结节性硬化症、Aicardi症候群、脑膜脑炎，细菌性脑莫炎、脑脓肿、病毒性脑炎，以及寄生虫病、颅内出血、粒腺体疾病、退化性疾病、枫糖浆尿症等代谢性疾病、染色体畸形、先天性脑积水、胼胝体发育不全、脑皮质发育不全、高热惊厥、缺乏各种微量元素钙等、维生素B6缺乏症等均可导致发作。
